Sí que hay ayuda de la línea de comandos del compilador, además me suena haber contestado a una consulta similar no hace mucho.
En la ayuda de Autoit vas a "Usando Autoit"->"Compilando Scripts". Se hace con Aut2Exe.exe. En el tercer método te explica cómo hacerlo desde la línea de comandos.
Ah, sí, aquí era, también explico lo de los bin que también tienes que adjuntar para poder compilar.
http://www.emesn.com/autoitforum/viewto ... 632#p14632
Lo de adjuntar archivos no hace falta si el programa generador sólo lo vas a ejecutar tú, en ese caso ya tienes Autoit así que usa los archivos instalados. Otra cosa es que el programa compilador lo tengan que ejecutar otros que no tienen Autoit.
Para el programa generado no hay ningún problema, ese es autónomo.