Esto se suele poner al principio del programa, o en su caso, en el lugar donde quieres que cambie las características de esa operación. Una vez que lo has puesto, siempre tratará de esa forma estas características....hasta que tu las cambies de nuevo.
Con Opt("MouseCoordMode", 2), lo que le estás diciendo que el modo de tratar las coordenadas del puntero del ratón sean relativas a un área cliente de la ventana activa. Que significa esto? Que por ejemplo, tu área cliente es un objeto picture o un objeto GDI (que veo que es lo que te interesa), y por ejemplo quisieses saber la posición del cursor de tu ratón dentro de este área (el objeto), te va a dar las coordenadas con respecto a ese objeto. Las coordenadas iniciales x=0,y=0 estarían en la esquina superior izquierda del objeto. A partir de ahí, se calcularían las demás coordenadas.
Con la opción 1 te daría las coordenadas con respecto a la pantalla (screen), y con la 0 te las daría con respecto a la ventana activa.
Espero que te haya aclarado algo la duda.
Tengo en la cabeza como hacer la otra duda que pusiste, la de conseguir un trozo de área de una imagen (no es muy dificil). Pero quiero hacerlo con alguna chulada...como que puedas seleccionar con el ratón el rectángulo que quieres guardar, y ahora mismo no puedo porque estoy de vacaciones en la playa, y si me pongo demasiado con el ordenador mi novia me mata

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A ver si la semana que viene puedo hacerlo.
Saludos.